마늘은 강한 냄새를 제외하고는 100가지 이로움이 있다고 하여 일해백리(一害百利)라고 부른다. 오늘날에는 마늘의 효능이 과학적으로 밝혀져 웰빙 식품으로 인정받고 있다. 2002년 미국 『타임(Time)』지는 마늘을 세계 10대 건강식품으로 선정하였으며, 마늘은 그 자체로 먹어도 좋고 다양한 음식의 재료로 사용해도 좋은 기능성 식품이라 예찬하였다.
미국암연구소(NCI)가 1992년에 발표한 건강한 몸을 유지하는 'Designer food(좋은 식품을 적극적으로 섭취함으로써 70세에 질병을 반으로 줄일 수 있다는 프로그램)' 피라미드의 최상위에 마늘이 위치하고 있다.

마늘은 우리나라의 거의 모든 요리에 쓰인다. 마늘의 강한 향이 비린내를 없애고 음식의 맛을 좋게 하며 식욕 증진 효과가 있기 때문에 향신료(양념)로도 사랑받는다.
마늘의 주성분은 탄수화물 20%, 단백질 3.3%, 지방 0.4%, 섬유질 0.92%, 회분 13.4%을 위시하여 비타민 B₁, 비타민 B₂, 비타민 C, 글루탐산(glutamic acid), 칼슘, 철, 인, 아연, 셀레늄, 알리신 등 다양한 영양소가 함유되어 있다.

마늘이 정력이나 원기를 보하는 강장제(强壯劑)라는 것은 고대 이집트 시대부터 알려져 있다. 기원전 2500년 무렵 만들어진 이집트 쿠프 왕의 피라미드 벽면에 새겨져 있는 상형문자에는 피라미드 건설에 종사한 노동자들에게 마늘을 먹였다고 기록되어 있다. 왕의 무덤에 마늘을 넣었던 고대 이집트 사람들은 오늘날 기독교인들이 성경을 두고 맹세하는 것처럼 마늘에 대고 맹세를 하였다.

우리나라의 마늘 도입 시기에 대한 자세한 기록은 없으나 단군신화(檀君神話)에 마늘이 등장한다. 『삼국사기(三國史記)』에 “입추(立秋) 후 해일(亥日)에 마늘밭에 후농제(後農祭)를 지냈다”는 기록이 있어 마늘이 이 시대에 이미 약용·식용작물로 이용되었음을 알 수 있다.

마늘을 먹은 후 마늘 냄새를 없애고 싶으면 우유를 천천히 마시거나 녹즙 또는 재스민차, 허브차를 약간 진하게 타서 마신다. 된장국에도 탈취 성분이 있으므로 역시 효과가 있다. 마늘을 까고 나서 손가락 끝에 밴 냄새는 식초 몇 방울을 떨어뜨린 후 씻으면 말끔히 없어진다.

마늘의 대표적인 성분은 알린(allin)이라는 유황화합물이다. 알린은 아무런 향이 없지만 마늘 조직이 상하는 순간 알린은 조직 안에 있던 알리나제라는 효소와 작용해 자기방어물질인 알리신(allicin)이 된다. 알리신은 매운맛과 동시에 독한 냄새를 풍긴다. 냄새는 입은 물론 몸 전체에서 나온다.

알리신은 강력한 살균 · 항균 작용을 하여 식중독균을 죽이고 위궤양을 유발하는 헬리코박터 파이로리균까지 죽이는 효과가 있다. 또한 알리신은 소화를 돕고 면역력도 높이며, 콜레스테롤 수치를 낮춘다. 알리신이 비타민 B₁과 결합하면 알리티아민으로 변하여 피로 회복, 정력 증강에 도움을 준다. 『타임』지는 알리신이 페니실린보다 더 강한 항생제라고 소개했다.
마늘에는 알리신 외에 다양한 유황화합물질이 들어 있으며, 메틸시스테인(methylcysteine)은 간암과 대장암을 억제한다고 알려져 있다. 유황화합물질은 활성산소를 제거하는 항산화 작용도 한다. 아울러 마늘은 토양에 있는 셀레늄을 흡수, 저장하며 셀레늄 역시 암을 예방하는 것으로 알려진 무기질이다.

현재까지 알려진 40여 종의 항암(抗癌) 식품들을 피라미드형으로 배열한 결과 최정상을 차지한 것이 마늘이다. 이처럼 효과적인 항암 식품으로 꼽히는 마늘을 하루에 생마늘 또는 익힌 마늘 한 쪽(또는 반쪽) 정도를 꾸준히 섭취하면 암을 예방하는 데 도움이 된다. 생마늘을 먹기가 힘들면 마늘을 구워 먹도록 한다. 마늘은 구워도 영양가의 변화가 거의 없으며 마늘 특유의 매운맛이 사라져 먹기에 훨씬 좋고 소화 및 흡수율도 높아진다. 그러나 몸에 좋은 마늘이지만 자극이 강해 너무 많이 먹으면 위가 쓰리므로 과도하게 먹는 것은 좋지 않다.

한편 화학 분야 최고의 학술지로 꼽히는 『앙게반테 케미(Angewandte Chemie)』지에 따르면(2009년 1월 28일자) 캐나다 퀸즈 대학교 화학과 프랫(Pratt) 교수팀은 마늘에 함유된 알리신이 신체 내의 유해 물질인 활성산소 제거에 매우 효과적이어서 마늘이 건강에 이롭다고 밝혔다.
마늘의 항산화 작용은 알려져 있지만 마늘에는 녹차나 포도에 들어 있는 강력한 항산화 물질인 플라보노이드 같은 알려진 항산화 물질이 없기 때문에 그 작용 메커니즘은 수수께끼였다. 즉 활성산소를 제거하는 항산화 기능이 마늘에 있는 것으로 알려져 있었으나 그동안 활성산소 제거 물질은 발견되지 않았다.

그 후 프랫 교수팀은 알리신이 생성하는 2차 물질인 설펜산(sulfenic acid)이 활성산소를 제거하는 사실을 확인하는 데 성공했다. 현재까지 알려진 항산화 물질 중에서 마늘에서 생성된 설펜산의 활성산소 제거 속도가 가장 빠른 것으로 입증됐다. 프랫 교수는 “설펜산의 강력한 반응성이 마늘의 건강 효과와 관련이 있을 것으로 확신한다”고 덧붙였다.
마늘은 양파, 부추 등과 같이 부추과에 속하고 이들 식물은 모두 알리신과 비슷한 물질을 가지고 있지만 항산화 효과 등 작용 특성은 모두 다르다. 양파, 부추에 들어 있는 알리신 유사 물질은 마늘의 알리신보다 느리게 분해되고 설펜산의 양이 적기 때문에 활성산소 제거 속도가 마늘보다 떨어지는 것으로 추정하고 있다.

허준의 『동의보감』에서는 마늘을 “성질이 따뜻하고 맛이 매우며 독이 있다. 종기를 제거하고 풍습과 나쁜 기운을 없앤다. 냉과 풍증을 제거하고 비장을 튼튼하게 하며 위를 따뜻하게 한다. 토하고 설사하면서 근육이 뒤틀리는 것을 치료한다. 전염병을 예방하고 해충을 죽인다”고 설명하고 있다.
사상의학(四象醫學)에 의하면 마늘은 차가운 몸을 따뜻하게 하여 말초혈관을 확장시키는 작용을 하므로 손발이 차고 아랫배가 냉한 소음인(少陰人)이 먹으면 소화기능과 순환기능이 좋아진다고 한다. 그러나 열이 많은 소양인(少陽人)은 마늘을 과다 섭취하면 병이 악화될 수 있으므로 조심해야 한다.

마늘에 들어 있는 생리활성 물질인 스코르디닌 성분이 내장을 따뜻하게 하고 혈액순환과 신진대사를 원활하게 한다. 마늘을 껍질째 끓는 물에 15분 정도 삶아 하루에 한 번, 식사 전에 2쪽씩 먹으면 저혈압 증세를 개선시킬 수 있다. 또는 껍질을 깐 생마늘을 곱게 찧은 다음 볶은 검은깨와 2:1의 비율로 섞어 꿀에 재웠다가 하루에 두 번, 1작은술씩 공복에 따뜻한 물로 복용하면 효과를 얻을 수 있다.
마늘 속에 포함되어 있는 단백질은 호르몬 분비를 활발히 해 정자(精子)와 난자(卵子)의 발육을 돕고 정력 증강에 효과가 있다고 한다. 스코르디닌 성분은 음경의 해면체를 충만하게 하는 힘을 갖고 있다.

마늘 속에 들어 있는 알리신은 비타민 B₁과 결합하여 알리티아민이라는 성분으로 바뀌면서 비타민 B₁의 흡수를 돕고 이용률도 높인다. 따라서 피로 회복에도 도움을 준다.
맛이나 향(香)이 독한 식품은 대개 피부나 위장에 자극적이다. 마늘도 독한 식품이므로 주의하여야 한다. 특히 공복(空腹) 상태에서 마늘을 복용하는 것은 절대 금물이다. 가정에서 갓 구워낸 생선에 마늘가루를 살짝 뿌려 먹으면 생선구이 맛이 한결 살아난다.